南京市工商业联合会成立于1952年5月30日，简称南京市工商联，又称南京市总商会。工商联是中国共产党领导的以民营企业和民营经济人士为主体的，具有统战性、经济性、民间性有机统一基本特征的人民团体和商会组织，是党和政府联系民营经济人士的桥梁纽带，是政府管理和服务民营经济的助手，是中国人民政治协商会议的重要组成部分。
工商联工作是中国共产党统一战线工作和经济工作的重要内容，工商联事业是中国特色社会主义事业的重要组成部分。工商联面向所有民营企业和民营经济人士，工作对象主要包括民营企业主要出资人、实际控制人，民营企业中持有股份的主要经营者，民营投资机构自然人大股东，以民营企业和民营经济人士为主体的工商领域社会团体主要负责人，相关社会服务机构主要负责人，民营中介机构主要合伙人，在内地投资的港澳工商界人士，有代表性的个体工商户。工商联以促进民营经济健康发展和民营经济人士健康成长为主题履行职责，坚持政治建会、团结立会、服务兴会、改革强会，充分发挥在民营经济人士思想政治建设中的引导作用，在民营经济人士有序政治参与中的主渠道作用，在民营企业改革发展中的服务作用，在保障和改善民生、创新社会治理中的协同作用，在依法平等保护产权方面的民主监督作用，努力把工商联建成“民营经济人士之家”。
南京市工商联是中国工商业联合会的地方组织。新中国成立之初，市工商联团结南京工商界，为恢复生产、争取国家财政经济状况的好转，做了大量卓有成效的工作。改革开放以来，市工商联围绕经济建设中心，服务市委、市政府工作大局，积极参政议政、建言献策，努力探索民营经济人士思想政治工作的新途径，在强化商会职能、增强服务意识、拓展服务领域、提高服务本领等方面做了大量富有成效的工作。2010年9月16日，中共中央、国务院《关于加强和改进新形势下工商联工作的意见》颁布后，市工商联在新的发展起点上迎来了可以大有作为的重要机遇期。党的十八大以来，在以习近平同志为核心的党中央坚强领导下，工商联认真学习贯彻《中国共产党统一战线工作条例》和《关于加强新时代民营经济统战工作的意见》精神，坚持围绕中心、服务大局，牢牢把握“两个健康”主题，贯彻信任、团结、服务、引导、教育方针，在谱写“强富美高”新南京现代化篇章中发挥了积极作用。
截至2021年12月底，全市工商联会员总数58086家，其中企业会员53277家，团体会员432家，个人会员4377。全市432家商会组织中有行业商会79家，异地商会132家，街镇商会101家，园区商会11家，村商会38家，市场商会5家，楼宇商会1家，其他商会24家，市工商联团体会员29家，异地南京商会12家。市工商联直属商会173家，其中行业商会21家，异地商会105家，团体会员29家，其他商会（联合会、促进会）6家，异地南京商会12家。南京市工商联还与全国100余个工商联组织建立了友好合作关系，并与全球51个国家和地区的工商社团、商务机构等签订了友好合作协议。
南京市工商联第一、二届主任委员为陈邃衡，第三、四、五、六届主任委员为黄希仁，第七、八届主任委员为徐美峰，第九届主任委员为徐英锐，第十、十一届会长为庄一鹏，第十二、十三、十四届主席（会长）为祝义材，第十五届主席（会长）为张近东。现任南京市工商联主席、南京市总商会会长为南京天加环境科技有限公司董事长蒋立。
